La distribution des agents parasitaires dans l'environnement constitue un problème majeur de santé publique. Le but de cette étude est de déterminer la biodiversité des formes de dissémination des Protozoaires entero-pathogènes présents dans les eaux souterraines et impact des facteurs environnementaux dans la région du Centre (Cameroun). Les analyses physicochimiques et biologiques se sont déroulées suivant les méthodes standards. Les analyses physicochimiques ont révélé que les eaux souterraines s'écartent des normes d'OMS. Les analyses biologiques ont montré une contamination des eaux par les agents pathogènes. Dans l'ensemble, les densités des parasites ont été plus élevées pendant les saisons des pluies. Les analyses statistiques montrent que les matières en Suspensions favoriseraient l'augmentation alors la conductivité électrique favoriseraient la réduction des charges parasitaires. La contamination des eaux souterraines les agents pathogènes serait associée aux pollutions environnantes et serait la cause principale des maladies diarrhéiques. Les problèmes de contamination environnementale en Afrique seraient liés à la pauvre, aux déjections à l'air libre.