"De Genealogie van de Moraal" (originele Duitse titel 'Zur Genealogie der Moral: Eine Streitschrift') is een baanbrekend werk waarin Nietzsche zich verdiept in de historische en psychologische oorsprong van morele waarden, en zijn argumenten uit Voorbij Goed en Kwaad voortzet. Dit boek heeft grote invloed gehad op modernistische denkers als Sigmund Freud en postmoderne denkers als Michel Foucault. Het was erg populair in Frankrijk in de 20e eeuw, waar het een nihilistische basis legde voor de Midden-Europese samenleving. Dit werk, dat bestaat uit een voorwoord en drie "verhandelingen", is een van Nietzsches meest invloedrijke geschriften. Het zijn geen verzameling aforismen zoals de meeste van zijn andere werken, maar langere, systematische teksten met een door en door wetenschappelijke benadering: hij presenteert sociologische, historische en psychologische stellingen die de protestantse theologie aanvallen. In tegenstelling tot de klassieke moraalfilosofen probeert Nietzsche geen moraal af te leiden of te rechtvaardigen, maar de historische ontwikkeling en psychologische voorwaarden van bepaalde morele waarden te traceren. Hij vraagt dus niet hoe mensen moeten handelen, maar waarom mensen (individuen of groepen) geloven dat ze op een bepaalde manier moeten handelen, of willen dat anderen op een bepaalde manier handelen. Hij gebruikt een genealogische methode om de ontwikkeling van morele concepten te traceren en onthult hun contingente en machtsbeladen aard. Het boek is verdeeld in drie essays, die elk verschillende aspecten van moraliteit onderzoeken, waaronder het contrast tussen meester- en slavenmoraal, de rol van schuld en schuldgevoel in de vorming van het geweten, en het ascetische ideaal. Nietzsches analyse in dit werk heeft een grote invloed gehad op het latere filosofische en culturele denken, met name op het gebied van ethiek en moraalpsychologie.