Félix María Samaniego, de ascendencia noble. Su familia disponía de recursos suficientes para permitirle dedicarse al estudio. Se conoce poco acerca de su infancia y juventud: su principal biógrafo, Eustaquio Fernández de Navarrete, afirma que estudió en un colegio en Francia. Más tarde cursó estudios en Peñaflorida, viviendo con su tío abuelo. Formó parte de la Sociedad Bascongada de Amigos del País, fundada por Peñaflorida, donde leyó sus primeras fábulas. La primera colección de las mismas fue publicada en Valencia en 1781.
De su entusiasmo por los enciclopedistas, tal vez nacido de su educación en Francia , adquirió la afición por la crítica mordaz contra la política y la religión; se burló de los privilegios, y llegó a rechazar un cargo ofrecido por Floridablanca. Sus cuentos más subidos de tono fueron compuestos al estilo de las Fábulas eróticas de Jean de la Fontaine. Por estos escritos y otros de índole anticlerical, sufrió la persecución de la Inquisición: el Tribunal de Logroño trató de confinarlo en un convento en 1793 tras considerar anticlerical y licenciosa parte de su obra, y le confinó durante varios meses en un convento en Portugalete; se salvó del castigo gracias a la intervención de sus influyentes amigos. Se desconocen, sin embargo, los detalles del proceso inquisitorial. Según Julio Caro Baroja, fue recluido "por una temporada" en el convento bilbaíno del Desierto "por denuncias respecto a su irreverencia". De su estancia allí escribió una "saladísima sátira, que se conoce hoy sólo por fragmentos en la que describe la vida que llevaban los padres carmelitas.