Gli antibiotici sono considerati dei proiettili magici o dei farmaci magici in quanto colpiscono gli organismi che producono la malattia. Purtroppo, nel prossimo futuro potrebbero non essere più efficaci a causa della resistenza agli antibiotici che porta a infezioni pericolose per la vita. Pertanto, devono essere usati con giudizio quando indicato, come nei casi di infezione diffusa e persistente e per la profilassi nelle condizioni indicate dall'American Association of Endodontists. Gli antibiotici β-lattamici sono i farmaci di scelta nel trattamento delle infezioni endodontiche. Gli antibiotici devono essere utilizzati ad alto dosaggio per un periodo di tempo breve, se la situazione clinica lo consente, poiché la durata più breve riduce il rischio di sviluppare tossicità indotta dagli antibiotici e resistenza agli stessi. Per superare la resistenza agli antibiotici sono stati sviluppati dei liposomi che agiscono come tossine-decoy. La tossina che entra in contatto con il liposoma si lega e diventa inutile. Se necessario, potrebbero essere utilizzati come antibiotici in infezioni molto gravi e pericolose per la vita, per superare la resistenza agli antibiotici.