Les maladies parodontales sont infectieuses. Les bactéries à Gram positif de la salive expriment des adhésions qui se lient sélectivement à la pellicule et favorisent la colonisation et la croissance de la plaque supra-gingivale. En l'espace de quelques jours, les espèces Gram-négatives se colonisent grâce à des récepteurs spécifiques qui se lient aux bactéries Gram-positives. Si rien n'est fait, quelques jours plus tard, la plaque microbienne étroitement adhérente devient visible sur la surface de la dent, au niveau de la marge gingivale, et une réponse inflammatoire aiguë se manifeste sous la forme d'une gingivite. Les biofilms sont des "populations bactériennes enfermées dans une matrice et adhérant les unes aux autres ainsi qu'aux surfaces ou aux interfaces". Le concept de biofilm est important pour comprendre la patho-microbiologie de la parodontite et sa relation avec les maladies systémiques. Comme dans le cas des biofilms en général, les plaques sous-gingivales sont difficiles à éliminer. Les bactéries Gram-négatives présentes dans les biofilms produisent des vésicules riches en LPs. Les biofilms constituent une source constamment renouvelée de LPs qui, une fois l'épithélium de poche formé, ont facilement accès au tissu conjonctif et à la circulation. La perturbation et l'élimination physiques sont des moyens efficaces de traiter les biofilms.